DNA Y chromozomu se dědí výhradně po otcovské linii. Otec předává svůj Y chromozom svým synům a ti zase svým atd. Ženy nepřijímají Y chromozom od otce, a proto nemohou být testovány pro zjištění původu otcovské linie. Lze ale provést nepřímou analýzu DNA některého z mužských potomků otcovské linie příslušné ženy (ideálně jejího otce, bratra, strýce z otcovy strany apod.)
Analýza Y-DNA se zaměřuje na nekódující oblasti, které jsou tvořeny krátkými tandemovými repeticemi (STR lokusy). STR lokusy se vyskytují v různém počtu opakování, pomocí nichž Vás přiřadíme k dané haploskupině. Čím větší počet vzácnějších opakování STR lokusů máte, tím podrobnější genetický původ Vám zjistíme, a tím blíže se dostaneme do nedaleké minulosti (cca 5.000 - 500 let).
Haploskupina E
Haploskupina E je jednou ze dvou větví velké haploskupiny DE. Vznikla přibližně před 50.000 lety. Vědci věří, že tato skupina vznikla v Africe, nebo že se jedná o migraci zpět do Afriky, což je spojováno s neolitickým šířením do jižní Evropy.
Haploskupina G
Známým zastupcem této haploskupiny je Ledový muž Ötzi (podskupina G2a4).
Haploskupina G je větví velké haploskupiny F. Vznikla asi před 25.000 ve východní Africe. Její podskupiny se rozšířily do Eurasie. Některé skupiny se pohybovaly po celé jižní Asii a odtud se dostaly až do Indie. Jiné skupiny se přesunuly přes Středozemní moře až do Evropy.
Haploskupina H
Haploskupina H je odvětví velké haploskupiny F. Haploskupina H vznikla přibližně před 30.000 lety ve východní Africe. Rozšířila se po indickém subkontinentu a nachází se také ve vysokých frekvencích v Indii a na Srí Lance. Také se vyskytuje u romské populace v Evropě.
Haploskupina I
Známou osobností, která patřila do podvětve této skupiny je např. Alexander Hamilton (podskupina I1).
Haploskupina I je větví velké haploskupiny F a její následující velké haploskupiny IJ. Skupina I vznikla asi před 25.000 lety na územíve východní Afriky a jižní Evropy. Po ustoupení ledovce se tato skupina rozšířila do severní Evropy.
Haploskupina J
Haploskupina J je podskupinou velké haploskupiny F a její následující velké haploskupiny IJ. Haploskupina J vznikla asi před 25.000 lety ve východní Africe. Tato skupina má dvě hlavní větve, J1 a J2 . Obě jsou zastpoupeny u populací ve východní Africe. Dále migrovaly do Evropy a na indický subkontinent během doby bronzové.
Haploskupina N
Haploskupina N je odvětví haploskupiny K. Haploskupina N vznikla asi před 10.000 lety v Asii. Její podskupiny se rozšířily do celé východní Asie a severní Evropy.
Haploskupina O
Haploskupina O je odvětví haploskupiny K. Haploskupina O vznikla asi před 35,000 roky v Asii. Její podskupiny se rozšířily do střední a východní Asie. Do haploskupiny O patří asi 30 podskupin.
Haploskupina Q
Haploskupina Q je jednou ze dvou větví velké haploskupiny P. Haploskupina Q vznikla zhruba před 20.000 lety ve Střední Asii. Její podskupiny se stěhovaly do Evropy a východní Asie. Tyto větve tvoří většinu původního indiánského obyvatelstva.
Haploskupina R
Známou osobností, která patřila do jedné z větví této skupiny je např. Tutanchámon (podskupina R1b1a2) a princ Charles z Walesu (podskupina R1b).
Haploskupina R je patří do velké haploskupiny P. Haploskupina R vznikla přibližně před 30.000 lety ve střední Asii. Má dvě hlavní větve, R1 a R2. Skupina R1 se rozšířila ze střední Asie do Evropy. Mezitím skupina R2 migrovala na východ na indický subkontinent. Během přesunů obyvatelstva se malé množství obou skupin usadilo na jihu Levanty ve východní Africe.